依据药品经营和使用质量监督管理办法，总局令第84号，第43和.44条，明确药品零售连锁企业由总部，配送中心和若干个门店构成，在总部的管理下，实施规模化，集团化运营。连锁总部应建立健全质量管理体系，……

集团化运营的药品连锁总部配送给各门店不是批发销售行为，不要缴纳增值税的。

非集团化运营的药店连锁，未统一质量管理体系，未统一药品经营范围等的，属于批发经营行为，则需要缴纳增值税