这种情形本身就违反了《药品零售连锁管理办法》中的“七统一”，又是违反其中最核心的三统一即“统一购进（采购）、统一配送、统一管理”。药监在处罚时不论有无总部与下面门店签协议都不会影响对总部的处罚。因为连锁总部与连锁门店（证是C牌）就像是父亲与未满18岁小孩的关系一样，总部负有对门店的监督和管理的责任（药监的处罚依据），所以不论你总部是否与下面门店签订协议都好，不影响药监对总部及门店的处罚。总部与下面门店签订的协议是你们一个家庭中内部的责、权、利分配协议，药监是不理会的。因为你签订的这个协议不是在符合《药品零售连锁管理办法》的前提下签订的，所以药监是不认可。怎么解决：只能是加强门店的管理和监督，总部有必要对门店负责人作出警告、如有处罚可追偿，或告知严重情况下总部可以随时到药监局注销其门店的证件而起到震慑作用。