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《特殊医学用途配方食品注册管理办法》明确规定了特殊医学用途配方食品注册程序：
　　（一）行政受理。受理机构按照相关规定接收注册申请材料并做出是否受理的决定。
　　（二）技术审评。审评机构对申请材料进行审查，根据技术审评的实际需要，组织现场核查、抽样检验与专家论证等工作，并作出审查结论。
　　（三）现场核查。核查机构根据通知开展生产企业现场核查和临床试验现场核查，并出具核查报告。
　　（四）抽样检验。相关检验机构根据通知对试验样品进行抽样检验，并出具检验报告。
　　（五）行政审批。食品药品监管总局根据审查结论作出行政审批决定。
　　（六）制证发证。准予注册的，受理机构颁发注册证书。